Τα μαργαριτάρια παράγονται από τα οστρακοειδή μαλάκια, με μια αμυντική αντίδραση του οργανισμού τους όταν εισχωρήσει σε αυτά κάποιος μη επιθυμητός παράγοντας. Παλαιότερα, είχε επικρατήσει ο «μύθος» ότι ακόμα και η άμμος όταν εισχωρεί στα οστρακοειδή μπορεί να τα αναγκάσει να δημιουργήσουν μαργαριτάρια, αλλά αυτός ο ισχυρισμός αποδείχθηκε αναληθής.

Σε γενικές γραμμές, όταν ένα ξένο σώμα διεισδύει στο όστρακο, τα επιθηλιακά κύτταρα του μανδύα του οστράκου κολλούν σε αυτό και εκκρίνουν στρώματα ίδιου υλικού με αυτό του κελύφους, καλύπτοντας (σφαιρικά ή όχι) το ξένο σώμα. Με αυτόν τον τρόπο, δημιουργούνται οι γνωστοί λίθοι, είτε σε επαφή με το κέλυφος είτε όχι. Ως γνήσια μαργαριτάρια θεωρούνται μόνο αυτά των όποιων το κέλυφος έχει εσωτερική επένδυση με μια ουσία που είναι γνωστή ως «μάργαρο» ή «μαργαριτίνη».  

Τα οστρακοειδή που παράγουν μαργαριτάρια μπορούν να βρεθούν είτε σε αλμυρά νερά είτε σε γλυκά.

Όλα τα μαλάκια με όστρακα μπορούν να παράγουν μαργαριτάρια και υπάρχει ένα μεγάλο εύρος ποιότητας, χρώματος (από μαύρο έως λευκό, με τα ροζ να θεωρούνται τα πιο πολύτιμα) και σχήματος. Πρόκειται για πολύ σκληρά υλικά, γνωστά από την αρχαιότητα για τις ιδιότητές τους. Αξίζει να σημειώσουμε ότι είναι γνωστό πως οι γυναίκες της Αιγύπτου φορούσαν κοσμήματα με μαργαριτάρια ήδη από το 1500 π.Χ..

Εξαιτίας της εφαρμογής τους στην κατασκευή κοσμημάτων και της μεγάλης τους εμπορικής αξίας, υπάρχουν ειδικές εγκαταστάσεις καλλιέργειας μαργαριτοφόρων στρειδιών (pearl oysters), στις οποίες, ο άνθρωπος επεμβαίνει στον υδρόβιο αυτό οργανισμό (εμφυτεύοντάς του σχετικό υλικό, βλ. βίντεο), ώστε να αυξήσει τους ρυθμούς παραγωγής των μαργαριταριών.

Σε τοπικές αγορές ορισμένων χωρών (π.χ. Κίνα), μπορεί κανείς να αγοράσει κάποιο μαργαριτοφόρο οστρακοειδές, να το ανοίξουν μπροστά του και να του φτιάξουν κάποιο κόσμημα με τα μαργαριτάρια που θα βρουν μέσα σε αυτό.